Marco Chiapello, PhD

Curriculum Scientifico e Professionale

Keywords

Plant-microbe interaction, Computational Biology, Omics integration, OpenScience, Reproducible research

Dati personali

Indirizzo Via Sant’Antonino 7, 10014, Caluso (TO)

Nazionalità Italiana

Nato il 12 aprile 1980

C.F. CHPMRC80D12L219D

Stato civile Convivente con 2 figli

Qualifica Ricercatore di terzo livello a tempo determinato

Data Dal 3 novembre 2019

Ente Consiglio Nazionale delle Ricerche

Dipartimento Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante

Supervisore Dott. Massimo Turina

Progetto Virome NGS analysis of pests and pathogens for plant protection (VIROPLANT - H2020)
Project ID: 773567

Esperienze lavorative

Dal 04-07-2018
Al 02-11-2019

Qualifica Assegnista di ricerca (Tipologia Senior)

Ente Consiglio Nazionale delle Ricerche

Dipartimento Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante

Supervisore Dott. Massimo Turina

Progetto Virome NGS analysis of pests and pathogens for plant protection (VIROPLANT - H2020)
Project ID: 773567

Dal 10-05-2018
Al 09-06-2018

Qualifica Professore di Chimica e Scienze

Ente Scuola superiore “E. Majorana”, Torino

Progetto Supplenza

Dal 01-04-2018
Al 30-09-2018

Qualifica Consulente (Remoto)

Azienda ProteiQ Biosciences GmbH

Supervisore Dott. Arnoud Groen

Progetto Sviluppo di una pipeline per l’automatizzazione dell’analisi di dati di proteomica

Dal 01-02-2018
Al 30-04-2018

Qualifica Data scientist

Azienda Evo Pricing

Supervisore Dott. Giuseppe Craparotta

Progetto Analisi di big-data, sviluppo modelli statistici e previsione di vendite con il fine di orientare le scelte imprenditoriali dei clienti

Dal 12-01-2016
Al 31-12-2017

Qualifica Research data technician

Ente University of Cambridge, United Kingdom

Dipartimento Cambridge Centre for Proteomics

Supervisore Dott. Mike Deery

Progetti

• Sviluppo di pipelines riproducibili e automatizzazioni delle analisi.
  
• Analisi bioinformatiche per i ricercatori e clienti del Cambridge Centre for Proteomics.
  
• Progetti di ricerca in collaborazione con i ricercatori del Cambridge Centre for Proteomics che si occupavamo di biologia delle piante (PhD Claudius Marondedze e PhD May Alqurashi).

Dal 01-10-2015
Al 31-12-2015

Qualifica Assegnista di ricerca

Ente Univeristà dell’Insubria

Dipartimento Dipartimento di Biotecnologie e Scienza della vita

Supervisore Prof.ssa Marcella Bracale

Progetti Mic-Ceres: Microbial eco-compatible strategies for improving wheat quality traits and rhizospheric soil sustainability (Agropolis Fondation Fondazione Cariplo) (FC Project ID2013-1888, AF project ID 1301-003)

Dal 01-10-2013
Al 30-09-2015

Qualifica Borsita di ricerca

Ente Università degli Studi di Torino

Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi

Supervisore Prof. Andrea Genre

Progetti

• REPROGR_AM: Recruitment of preexisting cell programs in arbuscular mycorrhizas. Progetti di Ricerca di Ateneo / CSP 2012
• VIPs in early stages of AM symbiosis
• Key to symbiosis

Dal 01-03-2013
Al 31-05-2013

Qualifica Postdoctoral research fellow

Ente University of Zurich, Switzerland

Dipartimento Department of Molecular Plant Physiology

Supervisore Prof. Enrico Martinoia

Progetti Analisi dei dati di transcrittomica e proteomica prodotti durante il progetto “Towards deciphering plant-fungal dialogues” (dell’ University of Lausanne, Switzerland)

Dal 01-02-2010
Al 28-02-2013

Qualifica Postdoctoral research fellow

Ente University of Lausanne, Switzerland

Dipartimento Department of Plant Molecular Biology

Supervisore Prof. Uta Paszkowski

Progetti

• PolarX: Pioneering in vivo proteomics and in planta live imaging for plant cell polarity
• Towards deciphering plant-fungal dialogues

Dal 01-05-2009
Al 31-01-2010

Qualifica Borsita di ricerca

Ente Università degli Studi diTorino

Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi

Supervisore Prof. Silvia Perotto

Progetti Interazioni cellulari e molecolari tra fungi e metalli pesanti

Educazione

Dal 2005
Al 2009

Titolo Dottorato in Biologia e Biotecnologia dei funghi [Allegato]

Ente Università degli Studi d Torino

Supervisore Prof. Silvia Perotto

Valutazione Eccelente

Dal 1999
Al 2005

Titolo Laurea in Biotecnologie Agrarie e Vegetali [Allegato]

Ente Università degli Studi diTorino

Supervisore Prof. Silvia Perotto

Valutazione 104/110

Corsi frequentati

Educazione

• 24 crediti formativi universitari nelle discipline antropo-psico-pedagogiche e metodologie e tecnologie didattiche (24 CFU) Allegato A
• Data Carpentry instructor training (Carpentry foundation) Allegato B
• Software Carpentry instructor training (Carpentry foundation) Allegato C
• Bioinformatics for Core Facility Managers (European Bioinformatics Institute) Allegato D
• ELIXIR-EXCELERATE Train the Trainer course (ELIXIR-IT) Allegato E

Modelli statistici e machine learning

• Machine Learning with caret in R (DataCamp) [Allegato]
• Introduction to Statistical Modeling in R (DataCamp) [Allegato]
• Machine Learning (Coursera) [Allegato]

Analisi Dati

• R object-oriented programming and package development (University of Cambridge, United Kingdom)
• The Data Scientists Toolbox (Coursera) [Allegato]
• R programming (Coursera) [Allegato]
• Reproducible research (Coursera) [Allegato]
• Getting and cleaning data (Coursera) [Allegato]
• The Basics of Data for Analytics (Lynda.com)
• Data Visualization for Data Analysts( Lynda.com)

Analisi di serie temporali

• ARIMA modeling in R (DataCamp) [Allegato]
• Introduction to time series analysis (DataCamp) [Allegato]

Analisi bioinformatiche

• Analysis of single cell RNA-seq data (University of Cambridge, United Kingdom)
• Molecular Phylogenetics (University of Cambridge, United Kingdom)
• Using the Ensembl Genome Browser (University of Cambridge, United Kingdom)
• An Introduction to Solving Biological Problems with PERL (University of Cambridge, United Kingdom)
• Statistics and R for the Life Sciences (University of Cambridge, United Kingdom)
• Exploring Protein Sequenceand Functional Information with UniProt (University of Cambridge, United Kingdom)
• International Course in Automated Functional Annotation and Data Mining (BioBam Company)

Database relazionali

• Relational Database Design (University of Cambridge, United Kingdom)
• MySQL: Implementing a Relational Database Design (University of Cambridge, United Kingdom)
• Relational Database Fundamentals (Lynda.com)

Altri corsi

• Docker for reproducibility (Elixir Workshop - University of Turin) [Allegato]
• Beginners guide to version control with git (University of Cambridge, United Kingdom)
• Git Essential Training (Lynda.com)
• Up and Running with vi (Lynda.com)
• Foundations of UX: Content Strategy (Lynda.com)
• Falcon: An Introduction for Content and Site Managers (University of Cambridge, United Kingdom)
• Web Authoring: HTML - Cascading Style Sheets (University of Cambridge, United Kingdom)
• Visualizing Geospatioal data in R [Allegato]

Attività di ricerca

La mia attività di ricera e’ stata caratterizzata da due forze trainanti: l’interazione e le tecniche -omiche. Nei primi hanno della mia carriera mi sono concentrato sull’interazione di un fungo ericoide (Oidiodendron maius) e i metalli pesanti inquinanti del suolo (Cd e Zn). La tecnica utilizzata per lo studio e’ stata la proteomica (in particolare l’utilizzo di gel bidimensionali), la difficile messa a punto della tecnica, sia da un punto di vista tecnico sia da un punto di vista sperimentale, mi ha permesso di apprendere la tecnica in maniera approfondita e mi ha dato l’opportunità di fare uno stage di perfezionamento di 3 mesi presso il laboratorio della Prof. M. Kapoor all’Univarsità di Calgari, Canada. Mi sono successivamente interessato di un altro tipo di interazione: le simbiosi micorriziche arbuscolari. Il periodo passato a lavorare sul progetto “Towards deciphering plant-fungal dialogues”, presso il laboratorio della Prof.ssa U. Paszkowski all’Universit| di Losanna, Svizzera e’ stato uno dei pià formativi, complicati e soddisfacenti della mia carriera. L’ambizioso progetto aveva l’obiettivo di identificare il proteoma della membrana peri-arbuscolare. Sotto la guida scientifica dalla Prof. Paszkowski e la mie conoscenze di proteomica siamo riusciti a mettere a punto una tecnica che ci ha permesso di identificare molte delle proteine presenti sulla membrana peri-arbuscolare. Durante l’analisi dei dati prodotti dagli esperimenti di spettrometria di massa per l’identificazione proteica, ho cominciato ad appassionarmi di analisi dati, che con il tempo sarebbe diventata la terza forza trainante della mia carriera scientifica. Rientrato in Italia ho lavorato per due anni nel laboratorio del Prof. A. Genre dell’Università degli Studi di Torino su divesi progetti che avevano l’obiettivo di identificare il proteoma durante le primissime fasi della colonizzazione micorrizica arbuscolare. Negli stessi anni comincio a studiare ad utilizzare il software statistico R. Nel 2015, vengo invitato all’Università degli Studi dell’Insubria per lavorare come bioinformatico sia per mettere a punto il laboratorio di bioinformatica, sia per contribuire all’analisi dati di un progetto della fondazione Agropolis. Nei 2 anni successivi completo la mia formazione da bioinformatico presso il Centro di Proteomica dell’Università di Cambridge (UK), sotto la guida del Prof. L. Gatto. Presso il Centro di PRoteomica mi occupo di analisi dati per i ricercartori e i clienti del Centro. Collaboro con diversi ricercatori dell’Università che si occupano di Biologia Vegetale tra cui anche la Prof. U. Paszkowski che nel frattempo si era spostasta all’Università di Cambridge. Alla fine del 2018 decido di interrompere il contratto presso l’Università di Cambridge e tornare in Italia, dove dopo una breve esperienza nel mondo della business analysis, capisco che l’amore per la biologia vegetale e’ più forte di qualsiasi sicurezza lavorativa. Ho iniziato a lavorare nel luglio 2018 presso il CNR di Torino, Istituto per la protezione sostenibile delle piante, nel laboratorio del Dott. M. Turina come bioinformatico su un progetto H2020 che mi vede impegnato nell’analisi di dati di metatranscrittomica per identificare il viroma di piante, funghi ed insetti. Nel novembre 2020 ho ricevuto l’Abilitazione Scientica Nazionale per il settore 05/A1 (https://asn18.cineca.it/pubblico/miur/esito/05%252FA1/2/5).

Progetti presenti

Virome NGS analysis of pests and pathogens for plant protection, H2020 project, CNR, Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante, Torino. Vincitore di un posto da ricercatore a tempo determinato (1 anno, rinnovato di 9 mesi). Responsabile dell’analisi bioinformatiche volte a identificare il viroma di Plasmopara viticola (patogeno causa della peronospora della vite) e di Erysiphe necator (patogeno causa dell’oidio della vite). Attraverso collaborazioni internazionali la ricerca ha portato alla pubblicazione di un articolo su nuovi virus di vite identificati (Chiapello et al., 2019), di un articolo sul viroma della peronospora (Chiapello et al., 2020) a uno sul viroma dell’oidio (Rodriguez et al., 2020, submitted).

Progetti passati

2009-2010 Studio dei meccanismi cellulari e molecolari che regolano l’interazione tra funghi del suolo e metalli pesanti. Come vincitore dell’assegno di ricerca, svolto presso il Dipartimento di Biologia Vegetale dell’Università degli Studi di Torino, ho svolto il ruolo di principale responsabilità per gli aspetti scientifici studiando i cambiamenti nell’espressione proteica di due funghi (Oidiodendron maius e Fusarium oxysporum) in condizioni di stress derivato dalla presenza di metalli pesanti. Questi lavori hanno portato alla pubblicazione di un articolo per fungo (F. oxysporum: Chiapello et al., 2010; O. maius: Chiapello et al., 2015).

2010-2013 Towards deciphering plant-fungal dialogues, Università di Losanna, Svizzera. Per questo progetto, parte del più ampio PolarX: Pioneering in vivo proteomics and in planta live imaging for plant cell polarity, sono stato responsabile scientifico delle metodologie di laboratorio e computazionali per lo sviluppo di una tecnica che ci permettesse di identificare le proteine specifiche della membrana peri-arbuscolare. Questo progetto mi ha portato ha lavorare con il mais come pianta modello per lo sviluppo della tecnica per via del colore giallo che sviluppa nelle sue radici quando è colonizzata da funghi micorrizzici arbuscolari. Successivamente, una volta messo a punto il protocollo sperimentale, su riso, il cui apparato radicale è molto meno esteso rispetto a quello del mais e non producendo alcun pigmento non c’è modo per arricchire il campione con radici sicuramente micorrizate. Questo lavoro ha posto le basi per la pubblicazione di un articolo come primo autore su Nature Communication (Roth, Chiapello et al., 2018; * equal contribution).

PolarX: Pioneering in vivo proteomics and in planta live imaging for plant cell polarity. Università di Losanna, Svizzera. Vincitore di una fellowship della durata di 3 anni con l’obiettivo di decodificare il complesso network molecolare dello sviluppo della polarità cellulare. In particolare mi sono occupato dello studio delle proteine specifiche situate sulla membrana peri-arbuscolare nelle simbiosi micorriziche arbuscolari (progetto Towards deciphering plant-fungal dialogues, di cui avevo la responsabilità scientifica). La fellowship è stata poi rinnovata per 3 mesi (fino a completamento del progetto), durante i quali sono state effettuate le analisi bioinformatiche dei dati di proteomica raccolti negli anni precedenti. Questo lavoro ha portato alla pubblicazione di un articolo su Nature Communication di cui sono primo nome (Roth, Chiapello et al., 2019; * equal contribution).

2013-2016 REPROGR_AM - Recruitment of preexisting cell programs in arbuscular mycorrhizas, Dipartimento di Scienze della Vita e Biologia dei Sistemi dell’Università degli Studi di Torino. Come vincitore di una borsa di studio sono stato coinvolto nell’analisi e nello sviluppo di costrutti GUS per il monitoraggio dello sviluppo della polarità cellulare nella simbiosi micorrizica arbuscolare. Ho anche contribuito alla creazione di una nuova linea di ricerca all’interno del progetto, portando la mia esperienza nel campo della proteomic.

VIPs in early stages of AM symbiosis, Dipartimento di Scienze della Vita e Biologia dei Sistemi dell’Università degli Studi di Torino. Coinvolto nel progetto come esperto di proteomica ho avuto la responsabilità di creare un database di oltre 2000 proteine vegetali regolate nelle fasi precoci dell’interazione micorrizica arbuscolare utilizzato per identificare e caratterizzare nuovi marker delle risposte della pianta ospite e per contestualizzare analisi parallele di espressione genica. L’analisi proteomica ha anche identificato un buon numero di proteine fungine.

Key to symbiosis, Dipartimento di Scienze della Vita e Biologia dei Sistemi dell’Università degli Studi di Torino. Il progetto è stato scritto insieme al Prof. Andrea Genre, scopritore del pre-penetration apparatus (PPA) (Genre et al., 2008), e aveva lo scopo di identificare le proteine coinvolte nel meccanismo di accomodamento del fungo all’interno dele cellule vegetali durante le fasi precoci della simbiosi arbuscolare micorrizzica.

2015-2016 MIC-CERES (Microbial eco-compatible strategies for improving wheat quality traits and rhizospheric soil sustainability). Project (FC Project ID 2013–1888; AF Project ID 1301–003) jointly supported by Agropolis Fondation (through the Investissements d’avenir programme with reference number ANR-10-LABX-0001-01) and Fondazione Cariplo. Nell’ambito del summenzionato progetto mi sono occupato della parte tecnica per la progettazione e messa in funzione di due postazioni di bioinformatica, dell’iniziale formazione del personale presente (una dottoranda, una tecnica ed uno studente di laurea triennale) alla successiva analisi dei dati. Il progetto ha portato alla pubblicazione di due articoli (Fiorilli et al., 2018; Garcia-Seco et al., 2017 [Co-authorship]).

2017-2018 Presso l’Università di Cambridge (UK), Dipartimento di Biochimica, Unità di Proteomica mi sono occupato dell’analisi dati di proteomica per i ricercatori del gruppo e i clienti del centro. Ero incaricato dello sviluppo del sistema di gestione dati dei clienti, della pianificazione degli esperimenti, dell’analisi e dell’interpretazione dei dati. Ho sviluppato un sistema di report dati, usato tutt’ora, per permettere ai ricercatori di interpretare e comprendere i loro dati

2018 Ho lavorato come consulente per ProteiQ Biosciences GmbH (https://www.proteiq.com/), aiutando l’azienda a sviluppare ad automatizzare alcune analisi proteomiche con R e docker.

Pubblicazioni

In sottomissione [1] J. Rodriguez-Romero, M. Chiapello, M. A. Allon, and M. Turina. Analysis of the virome associated to grapevine powdery mildew lesions. Virus Evolution.
[2] J. Rodriguez-Romero, M. Chiapello, M. A. Allon, and M. Turina.
[3] M. Chiapello, L. Bosco, M. Ciuffo, S. Ottati, M. Vallino, N. Salem, C. Rosa, L. Tavella, M. Turina. Complexity and local specificity of the virome associated to tospovirus-transmitting thrips species.

2020 [1] M. Chiapello, J. Rodriguez-Romero, M. A. Allon, and M. Turina. Analysis of the virome associated to grapevine downy mildew lesions reveals new mycovirus lineages. Virus Evolution.
[2] M. Chiapello, J. Rodriguez-Romero, L. Nerva, M. Forgia, W. Chitarra, M. A. Allon, and M. Turina. Putative new plant viruses associated with plasmopara viticola -infected grapevine samples. Annals of Applied Biology, 176(2):180–19.
[3] M. Chiapello, E. Zampieri, and A. Mello. A small effort for researchers, a big gain for soil metaproteomics. Frontiers in Microbiology, 11:88.
[4] S. Ottati, M. Chiapello, L. Galetto, D. Bosco, C. Marzachi, and S. Abba. New viral sequences identified in the flavescence dor ́ee phytoplasma vector scaphoideus titanus. Viruses, 12(3):27.
[5] N. Procopio, S. Ghignone, S. Voyron, M. Chiapello, A. Williams, A. Chamberlain, A. Mello, and M. Buckley. Soil fungal communities investigated by metabarcoding within simulated forensic burial contexts. Frontiers in Microbiology, 11.

2019 [1] M. Chiapello, D. Das, and C. Gutjahr. Ramf: An open-source r package for statistical analysis and display of quantitative root colonization by arbuscular mycorrhiza fungi. Frontiers in Plant Science, 10:1184.
[2] L. Nerva, M. Forgia, M. Ciuffo, W. Chitarra, M. Chiapello, M. Vallino, G. Varese, and M. Turina. The mycovirome of a fungal collection from the sea cucumber holothuria polii. Virus Research, 273:197737.
[3] C. Peracchio, M. Forgia, M. Chiapello, M. Vallino, M. Turina, and M. Ciuffo. A complex virome that includes two distinct emaraviruses is associated to virus-like symptoms in camellia japonica.
[4] M. A. S. C. Picarelli, M. Forgia, E. B. Rivas, L. Nerva, M. Chiapello, M. Turina, and A. Colariccio. Extreme diversity of mycoviruses present in isolates of rhizoctonia solani ag2-2 lp from zoysia japonica from brazil. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 9:244.
[5] R. Roth, S. Hillmer, C. Funaya, M. Chiapello, K. Schumacher, L. L. Presti, R. Kahmann, and U. Paszkowski. Arbuscular cell invasion coincides with extracellular vesicles and membrane tubules. Nature Plants, 5(2):204–21.
[6] G. Russo, G. Carotenuto, V. Fiorilli, V. Volpe, A. Faccio, P. Bonfante, M. Chabaud, M. Chiapello, D. V. Damme, and A. Genre. TPLATE recruitment reveals endocytic dynamics at sites of symbiotic interface assembly in arbuscular mycorrhizal interactions. Frontiers in Plant Science, 10.

2018 [1] K. Agboh, C. H. F. Lau, Y. S. K. Khoo, H. Singh, S. Raturi, A. V. Nair, J. Howard, M. Chiapello, R. Feret, M. J. Deery, S. Murakami, and H. W. van Veen. Powering the ABC multidrug exporter LmrA: How nucleotides embrace the ion-motive force. Science advances, 4(9):eaas9365.
[2] M. Chialva, A. Salvioli di Fossalunga, S. Daghino, S. Ghignone, P. Bagnaresi, M. Chiapello, M. Novero, D. Spadaro, S. Perotto, and P. Bonfante. Native soils with their microbiotas elicit a state of alert in tomato plants. The New phytologist.
[3] M. Chiapello, M. Alqurashi, M. Chiapello, C. Bianchet, F. Paolocci, K. S. Lilley, and C. Gehring. Early responses to severe drought stress in the Arabidopsis thaliana cell suspension culture proteome. Proteomes, 6(4), 38.
[4] V. Fiorilli, C. Vannini, F. Ortolani, D. Garcia-Seco, M. Chiapello, M. Novero, G. Domingo, V. Terzi, C. Morcia, P. Bagnaresi, L. Moulin, M. Bracale, and P. Bonfante. Omics approaches revealed how arbuscular mycorrhizal symbiosis enhances yield and resistance to leaf pathogen in wheat. Scientific reports, 8(1):9625.
[5] R. Roth, M. Chiapello, H. Montero, P. Gehrig, J. Grossmann, K. O’Holleran, D. Hartken, F. Walters, S.-Y. Yang, S. Hillmer, K. Schumacher, S. Bowden, M. Craze, E. J. Wallington, A. Miyao, R. Saw- ers, E. Martinoia, and U. Paszkowski. A rice serine/threonine receptor-like kinase regulates arbuscular mycorrhizal symbiosis at the peri-arbuscular membrane. Nature Communications, 9(1). [Equal contribution of Roth and Chiapello]
[6] G. Russo, G. Carotenuto, V. Fiorilli, V. Volpe, M. Chiapello, D. Van Damme, and A. Genre. Ectopic activation of cortical cell division during the accommodation of arbuscular mycorrhizal fungi. The New phytologist.
[7] N. M. Thomson, T. Shirai, M. Chiapello, A. Kondo, K. J. Mukherjee, E. Sivaniah, K. Numata, and D. K. Summers. Efficient 3-Hydroxybutyrate Production by Quiescent Escherichia coli Microbial Cell Factories is Facilitated by Indole-Induced Proteomic and Metabolomic Changes. Biotechnology journal, 13(5):e1700571.

2017 [1] D. Garcia-Seco, M. Chiapello, M. Bracale, C. Pesce, P. Bagnaresi, E. Dubois, L. Moulin, C. Vannini, and R. Koebnik. Transcriptome and proteome analysis reveal new insight into proximal and distal responses of wheat to foliar infection by Xanthomonas translucens. Scientific reports, 7(1):10157. [Equal contribution Garcia-Seco and Chiapello]

2016 [1] E. Zampieri, M. Chiapello, S. Daghino, P. Bonfante, and A. Mello. Soil metaproteomics reveals an inter-kingdom stress response to the presence of black truffles. Scientific reports, 6:25773. [Equal contribution Zampieri and Chiapello]

2015 [1] M. Chiapello, R. Balestrini, and S. Perotto. Symbiotic Proteomics - State of the Art in Plant Mycorrhizal Fungi Interactions.
[2] M. Chiapello, E. Martino, and S. Perotto. Common and metal-specific proteomic responses to cad- mium and zinc in the metal tolerant ericoid mycorrhizal fungus Oidiodendron maius Zn. Metallomics : integrated biometal science, 7(5):805–81.

2012 [1] C. Gutjahr, D. Radovanovic, J. Geoffroy, Q. Zhang, H. Siegler, M. Chiapello, L. Casieri, K. An, G. An, E. Guiderdoni, C. S. Kumar, V. Sundaresan, M. J. Harrison, and U. Paszkowski. The half-size ABC transporters STR1 and STR2 are indispensable for mycorrhizal arbuscule formation in rice. The Plant journal : for cell and molecular biology, 69(5):906–92.

2010 [1] M. Chiapello, S. Daghino, E. Martino, and S. Perotto. Cellular response of Fusarium oxysporum to croci- dolite asbestos as revealed by a combined proteomic approach. Journal of proteome research, 9(8):3923– 3931.
[2] A. Salvioli, M. Chiapello, J. Fontaine, A. L. Hadj-Sahraoui, A. Grandmougin-Ferjani, L. Lanfranco, and P. Bonfante. Endobacteria affect the metabolic profile of their host Gigaspora margarita, an arbuscular mycorrhizal fungus. Environmental microbiology, 12(8):2083–209.

2009 [1] M. Vallino, E. Martino, F. Boella, C. Murat, M. Chiapello, and S. Perotto. Cu,Zn superoxide dismutase and zinc stress in the metal-tolerant ericoid mycorrhizal fungus Oidiodendron maius Zn. FEMS microbiology letters, 293(1):48–5.

Collaborazioni

Ramf

Nel 2018 ho collaborato con la Prof. Caroline Gutjahr (University of Munich) per lo sviluppo di un pacchetto R per l’analisi statistica dei dati di micorrizzazione delle radici. La collaborazione che aveva l’obiettivo di promuovere l’utilizzoo del software R, la standardizzazione del metodo di analisi e delle visualizzazione grafiche ha portato alla pubblicazione di un articolo (Chiapello et al., 2019). E’ possibile scaricare il pacchetto su Github (https://github.com/mchiapello/Ramf).

Rwaves

Nel 2020 ho iniziato una collaborazione con Matteo Ripamonti (Università degli Studi di Torino) e Alberto Fereres Castiel (Instituto de Ciencias Agrarias, Institute of Agricultural Sciences, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Spanish National Research Council) per sviluppare un pacchetto di R da utilizzare per le analisi di dati di electrical penetration graph (EPG), un sistema utilizzato per studiarel’interazione tra insetti (come afidi, cicaline o tripidi) e la pianta da cui si nutrono. Il pacchetto è in attiva fase di sviluppo, ma comunque scaricabile e utilizzabile (al momento solo per insetti floemomizi) da Github (https://github.com/mchiapello/Rwaves).

gggenes

Ho contribuito allo sviluppo del pacchetto R gggenes, dedicato alla visualizzazione dell’organizzazioni genomiche.

Noemi Procopio, PhD

Dal 2017 al 2020 una collaborazione con il laboratorio della Dr.ssa Noemi Procopio (Northumbria University), il CNR di Torino e l’Università di Manchester ha portato alla recente pubblicazione di un lavoro di ecologia forense (Procopio et al., 2020).

May Alqurashi, PhD

Con la dottoressa May Alqurashi, ricercatore in visita all’Università di Cambridge dal’Università King Abdulaziz in Arabia Saudit, ho collaborato su un progetto legato allo stress idrico in Arabidopsis thaliana (Alqurashi et al., 2018).

Revelo

Collaborazione con Revelo (https://revelodatalabs.com/), per analisi bioinformatiche e corsi di introduzione all’analisi dei dati e alla visualizzazione grafica con R.

Competenza tecniche

Tecniche di Biologia Molecolare

• Estrazione di acidi nucleici (DNA, RNA)
• Tecniche di PCR, RT-PCR, RT-PCR quantitativa, RACE, Tail-PCR
• Clonaggio e trasformazione, produzione di vettori RNAi e di overespressione
• Trasformazione genetica mediata da Agrobacterium rhizogenes

Tecniche di Microbiologia

• Preparazione di mezzi di coltura
• Isolamento e mantenimento di colture in vitro di batteri e funghi in condizioni di sterilita'
• Caratterizzazione di ceppi microbici
• Tecniche di coltura in vitro di organismi vegetali: colture di calli, di radici trasformate e micorrizazione in vitro.
• Propagazione di micelio e di spore di funghi AM in condizione axeniche

Tecniche di biochimica

• Estrazioni proteiche da cellule e tessuti vegetali
• Analisi di pattern di espressione proteinche mediante gel mono- e bi-dimensionali
• Immunomarcatura
• Digestione proteica in-gel e gel-free
• Purificazione proteiche tramite membrana (FASP e MED-FASP)

Tecniche di microscopia

• Preparazione dei campioni
• Microscopio ottico (colorazione di radici micorrizate blu cotone; fucsina acida)

Competenze informatiche

Bioinformatica

• Base: Bioconda
• Intermedio: Galaxy, ncbi edirect
• Avanzato: Trinity, bwa, bowtie2, samtools, CLARK, Kraken2, Diamond, Megan, Mega, Clustalo, IQTree, Bioconductor, Mascot, Protein Discoverer, Scaffold, Blast2GO, KEGG, MaxQuant, NCBI toolbox

Grafica

• Avanzato: InkScape, Scribus, Adobe Illustrator, Adobe Photoshop, Adobe Indesign, Adobe Premiere, Adobe After Effects

OPEN SCIENCE

• Intermedio: pandoc, Docker, CircleCI, Travis, MySQL
• Avanzato: R, Nvim-R, RStudio, Unix Bash, tmux, Rmarkdown

Sistemi operativi

• Intermedio: Windows
• Avanzato: Linux, MacOS

Editor di testo

• Avanzato: Vim, Microsoft Office, LibreOffice, OpenOffice, Atom

Applicazioni web

• Intermedio: Shiny, HTML, CSS, Javascript, PHP, blogdown, pkgdown, distill

Software collaborativi

• Base: HackMD, Asana
• Intermedio: Zoom, GoToMeeting, Meet, Webex, TeamViewer, Trello, Etherpad
• Avanzato: Version control (git), GitLab, GitHub, Bitbucket, Google Drive, Dropbox, Mega, Skype, Slack

Competenze linguistiche

Italiano

ILR 5

CEFR Madre lingua

ACTFL Distinto

Inglese

ILR 3+

CEFR C1

ACTFL Avanzato

Francese

ILR 1

CEFR A1

ACTFL Intermedio

Commissario in commissioni per assegni di ricerca

Conferenze

Comitato organizzativo

• Growing Inclusive, Computational Communities and Leaders, The Carpentries (https://2020.carpentrycon.org/task-force/)
  dal 14-07-2020 al 31-08-2020 (online)
• V International Mycovirus Symposium 2020, CNR, Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante, Gargnano.
  dal 23-09-2020 al 26-09-2020 (Rimandato al 2021)

Presentazione

• Proteomics investigation of the response of filamentous fungi to heavy metals. Mycological snapshot. Università degli Studi di Torino, Torino.
  dal 23-11-2006 al 25-11-2006
• Proteomics analyses of symbiotic plant-fungus interaction. Giornata del DBIOS, Università degli Studi di Torino, Torino.
  dal 29-06-2015 al 29-06-2015
• New viruses and new putative viral species from transcriptomic studies of samples from camellia, tomato and grapevine. Bari CNR. One Virology One Health. Societa italiana di virologia.
  dal 27-05-2019 al 28-05-2019

Comitati editoriali

Dall’aprile del 2020 sono Special Issue Editor della rivista Life (ISSN 2075-1729) per lo special issue “Plant Proteomics” (https://www.mdpi.com/journal/life/special_issues/PlantProteomics). L’uscita è prevista nel 2021.
Dall’aprile 2020 sono membro dell’ Editorial Board di Plant Symbiotic Interactions (special section of Frontiers in Plant Science) in qualità Review Editor.
Da giugno 2020 sono membro dell’Editorial Board di Microbe and Virus Interactions with Plants (special section of Frontiers in Microbiology) in qualità Review Editor.

Attivita’ di insegnamento

Filosofia di insegnamento

Negli ultimi hanno ho seguito diversi corsi per la didattica dell’insegnamento. Nel 2016 ho seguito il “Data Carpentry instructor training program” e il “Software Carpentry instructor training program” della fondazione The Carpentries (https://carpentries.org/) e dopo aver sostenuto una prova finale in cui ho dimostrato di conoscere i concetti pedagogici chiave e le tecniche di insegnamento sono stato certificato come istruttore. Nel 2018 ho frequentato il corso “Train the trainers” di Elixir (https://elixir-europe.org/platforms/training/train-the-trainer) dove sono stati illustrati: i principi dell’apprendimento, come questi principi sono applicati all’insegnamento, tecniche di insegnamento per aumentare la partecipazione degli studenti, come preparare materiale e corsi e come sfruttare in maniera positiva il sistema dei feedbacks. Nel 2020 ho coseguito i 24 crediti formativi universitari nelle discipline antropo-psico-pedagogiche e metodologie e tecnologie didattiche, sostenendo 4 esami: “pedagogia e didattica dell’inclusione”, “psicologia”, “antropologia” e “metodologie e tecnologie didattiche”.

Vorrei dedicare poche righe a delineare la mia idea di insegnamento, argomento particolarmente importante per la posizione in oggetto di concorso e che ha assunto una progressiva rilevanza negli ultimi anni della mia carriera.

Insegnare e’ saper appassione: l’apprendimento e’ il risultato di cio’ che fa lo studente, l’insegnante puo’ pero’ potenziare l’apprendimento dello studente facendolo appassionare alla materia di studio. E’ la motivazione degli studenti che li orienta e li sostiene ad imparare.
Insegnare e’ comunicazione: insegnare e’ saper sceglier il giusto registro per ogni tipo di classe, saper tener viva l’attenzione, capire quando spingere sull’acceleratore, quando sia bene rallentare e soprattutto quando sia il momento di tornare indietro per recuperare gli studenti lasciati lungo il cammino.
Insegnare e’ sostenere: insegnare e’ saper aiutare, motivare e spronare gli studenti dopo un fallimento che sia esso un esame o un esperimento non riuscito.
Insegnare e’ empatia: lo sviluppo personale degli studenti influenza l’atmosfera dell’intera classe e influenza di conseguenza l’apprendimento. L’interazione e l’atmosfera tra studenti e docente e tra studenti in un’aula universitaria e’ fondamentale.
Insegnare e’ imparare: insegnare e’ mettersi in gioco, parlare davanti ad un’aula piena di giovani menti desiderose di imparare. A volta bisogna ammettere di non saper qualcosa o di aver sbagliato qualcosa, l’errore e’ parte fondamentale del processo di apprendimento, anche per il docente.

Corsi insegnati

Periodo Gennaio 2021 - 16 ore (Remoto) [Programmato]
Qualifica Docente
Ente Consiglio Nazionale delle Ricerche
Dipartimento Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento Corso intermedio di R (https://ipsp-cnr-bioinformatics.github.io/2020-Intermidiate-R-CNR/)

Periodo Novembre 2020 - 8 ore (1 CFU)
Qualifica Docente
Ente Universita’ degli Studi di Torino
Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi
Studenti Corso di laurea magistrale in Scienze dei Sistemi naturali
Insegnamento Biologia delle interazioni [Allegato]

Periodo Novembre-Dicembre 2020 - 16 ore (2 CFU)
Qualifica Docente
Ente Universita’ degli Studi di Torino
Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi
Studenti Corso di laura magistrale in Biologia dell’ambiente
Insegnamento Interazioni tra piante, microrganismi e ambiente [Allegato]
1 CFU di questo corso e’ mutuato con il corso precedente di Biologia delle interazioni

Periodo Novembre 2020 - 8 ore (Remoto)
Qualifica Docente
Ente Consiglio Nazionale delle Ricerche
Dipartimento Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante
Studenti Ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento Bioinformatics analysis of fungal viromes (https://mchiapello.github.io/202010_VirusDetection/)

Periodo Settembre 2020 - 18 ore (Remoto)
Qualifica Docente
Ente Nord university in Bodø, Norway
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento Data Carpentry Social Sciences workshop (https://mchiapello.github.io/2020-09-16-nord-online/)

Periodo Giugno 2020 - 16 ore (Remoto)
Qualifica Docente
Ente Università degli Studi d Torino
Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi
Studenti Studenti di dottorato
Insegnamento PhDToolbox - Ricerca riproducibile in R (https://phd-toolbox-course.github.io/2020_PhD_Toolbox_course/)

Periodo Giugno 2019 - 24 CFU
Qualifica Professore a Contratto
Ente Università degli Studi di Torino
Studenti Studenti del master in “Controllo Biologico dei processi e dei prodotti dell’industria”
Insegnamento Data Analysis (https://mchiapello.github.io/Controllo-Biologico-dei-processi-e-dei-prodotti-dell-industria-2019/)

Periodo Maggio 2019 - 2 giorni
Qualifica Docente
Ente Universite’ Catholique de Louvain
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento R Data Carpentry [link]

Periodo Febbraio 2019 - 2 giorni
Qualifica Docente
Ente Università di Napoli
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento R Data Carpentry [link]

Periodo Dicembre 2018 - 2 giorni
Qualifica Docente
Ente University of Debrecen, Hungary
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento R Data Carpentry [link]

Periodo Novembre 2018 - 1 giorno
Qualifica Docente
Ente Consiglio Nazionale delle Ricerche
Dipartimento Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento Introduzione al data managemnt (OSF.io and protocol.io)

Periodo Ottobre 2018 - 1 giorno
Qualifica Docente
Ente Consiglio Nazionale delle Ricerche
Dipartimento Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante
Studenti Ricercatori
Insegnamento Introduzione a git (version control program)

Periodo Gennaio 2018 - 3 giorni
Qualifica Docente
Ente Università degli Studi d Torino
Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi
Studenti Studenti di dottorato
Insegnamento PhDToolbox - Ricerca riproducibile in R [link]

Periodo Settembre 2017 - 2 giorni
Qualifica Docente
Ente University of Cambridge, United Kingdom
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento R Data Carpentry [link] [Allegato]

Periodo Settembre 2017 - 1 giorni
Qualifica Docente
Ente University of Cambridge, United Kingdom
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento Data analysis and Visualization in R [Allegato]

Periodo Giugno 2017 - 2 giorni
Qualifica Docente
Ente The Francis Crick Institute, London, United Kingdom
Studenti Ricercatori e PI
Insegnamento R Data Carpentry [link]

Periodo Gennaio 2017 - 2 giorni
Qualifica Docente
Ente University of Cambridge, United Kingdom
Studenti Studenti di dottorato, ricercatori, postDoc e PI
Insegnamento R Data Carpentry [link] [Allegato]

Periodo Gennaio 2017 - 4 giorni
Qualifica Docente
Ente Università degli Studi d Torino
Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi
Studenti Studenti di dottorato
Insegnamento PhDToolbox - Ricerca riproducibile in R [link]

Periodo Luglio 2016 - 3 giorni
Qualifica Docente
Ente Università degli Studi d Torino
Dipartimento Scienze delle Vita e Biologia dei Sistemi
Studenti Studenti di dottorato
Insegnamento PhDToolbox - Ricerca riproducibile in R [link]

Studenti in stage

AA 2015-2016

• Andrea Modica (Università degli Studi di Torino - Dipartimento di Scienze della vita e Biologia dei Sistemi)
• Lavinia Cagnina (Università degli Studi di Torino - Dipartimento di Scienze della vita e Biologia dei Sistemi)
• Martina Capozzi (Università degli Studi di Torino - Dipartimento di Scienze della vita e Biologia dei Sistemi)

Co-tutoraggio di tesi di laurea

AA 2009-2010

• Beatrice Lace (Università degli Studi di Torino - Dipartimento di Scienze della vita e Biologia dei Sistemi)

Co-tutoraggio di dottorandi

AA 2011-2012

• Shui Yang (University of Lausanne-Department of Plant Molecular Biology)

AA 2015-2017

• Giulia Russo (Università degli Studi di Torino - Dipartimento di Scienze della vita e Biologia dei Sistemi)

Esercitazioni di laboratorio

AA 2004-2005 Esercitazioni di laboratorio per il corso di Biologia (Università degli Studi di Torino - Dipartimento di Scienze della vita e Biologia dei Sistemi)

AA 2005-2006 Esercitazioni di laboratorio per il corso di Biologia (Università degli Studi di Torino - Dipartimento di Scienze della vita e Biologia dei Sistemi)

AA 2016-2017 Esercitazioni di laboratorio per studenti di dottorato sulle metodologie di preparazione del campione, analisi statistica e interpretazione dei dati (University of Cambridge, Cambridge Center for Proteomics)

Tutorato

AA 2019-2020 Per il master di primo livello “Controllo Biologico dei processi e dei prodotti dell’industria”, ho vinto il concorso per ruolo di tutor accademico per il project work dello studente Mattia Schirrippa per la progettazione e scrittura di un report interattivo per l’analisi direzionale della produzione (in R).

AA 2019-2020 Sono stato “Mentoring chair” della fondazione “The Carpentries”. Ho coordinato a livello modiale la selezione, l’organizzazione e la discussione finale degli studenti e dei mentori per hanno partecipato al programma. Maggiori informazioni sul programma possono essere trovate qui: https://carpentries.org/inst-dev/

Torino, il 30/07/2019 Firma Autorizzo il trattamento e la comunicazione dei dati personali ai sensi del D.L. 196/03